普外科
湖南医药学院总医院普外科是湖南胃肠肿瘤专病联盟副主席单位、粤港澳大湾区与华南减重联盟会员单位、湖南省儿童普外专科联盟成员单位、怀化市临床重点专科。
影像中心
湖南医药学院总医院影像中心为怀化市重点学科，科室下设X线、CT、MRI及介入四个专科，细分为神经学组、胸部学组、腹部学组、骨肌学组、五官学组，现科室建立了成熟强大的教研团队。近两年接诊人数逐年增加，2019年CT诊断13万多人次、X线诊断9万多人次、MRI诊断4万多人次，介入治疗近4000人次。
超声医学科
湖南医药学院总医院超声医学科现为国家超声质控哨点医院单位，湖南省医学会超声专业委员会委员单位，怀化市临床重点专科单位，“好声影”湖南省超声造影直通车单位，怀化市医学会超声专业委员会和怀化市超声诊断质量控制中心挂靠单位。
功能科
湖南医药学院总医院功能科为湖南省心电专科联盟理事单位，主要开展检查项目以心脏电生理和神经电生理检查为主。
高压氧科
湖南医药学院总医院高压氧科是湖南省医用高压氧先进单位,是怀化市高压氧质量控制及怀化市医学会高压氧专业委员会挂靠单位，是怀化市最早开展一氧化碳中毒24小时急救绿色通道的医院，是湖南省唯一一家加入全国减压病救治联盟单位。
核医学科
湖南医药学院总医院核医学科是怀化市市级医院临床重点专科、中华医学会核医学分会放射性粒子植入专业委员级单位、湖南省核医学专业委员级单位、放射性粒子治疗专家共识与指南编写参与单位。
核医学科PET/CT简介
湖南医药学院总医院2019年在湖南西部地区首家引进了”时间飞行技术(TOF)"PET/CT。PET/CT全称是正电子发射断层显像/X线计算机体层显像。
输血科
湖南医药学院总医院输血科于2006年成立，是一个技术先进、功能齐全的医技科室。现拥有瑞士哈美顿全自动血型分析仪、血小板恒温振荡仪、专用储血冰箱、专用血浆冰冻冷藏箱、恒温水浴箱，微柱凝胶孵育器、微柱凝胶卡离心机、血型血清学专用离心机及普通离心机等检测设备。
药学部
湖南医药学院总医院药学部为集药事管理、药品供应、新药制剂研发、教学等为一体的综合性技术职能部门。现由制剂中心、静配中心、西药库、中药库、门诊西药房、门诊中药房、住院药房、急诊药房、发热药房等部门组成。
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